1） 生物有机肥营养元素齐全；化肥营养元素只有一种或几种。 　　
2） 生物有机肥能够改良土壤；化肥经常使用会造成土壤板结。 　　
3） 生物有机肥能提高产品品质；化肥施用过多导致产品品质低劣。 　　
4） 生物有机肥能改善作物根际微生物群，提高植物的抗病虫能力；化肥则是作物微生物群体单一，易发生病虫害。 　　
5） 生物有机肥能促进化肥的利用，提高化肥利用率；化肥单独使用易造成养分的固定和流失。

精制有机肥是畜禽粪便经过烘干、粉碎后包装出售的商品有机肥。 　　

6）生物有机肥完全腐熟，不烧根，不烂苗；精制有机肥未经腐熟，直接使用后在土壤里腐熟，会引起烧苗现象。 　　

7）生物有机肥经高温腐熟，杀死了大部分病原菌和虫卵，减少病虫害发生；精制有机肥未经腐熟，在土壤中腐熟时会引来地下害虫。 　　

8）生物有机肥中添加了有益菌，由于菌群的占位效应，减少病害发生；精制有机肥由于高温烘干，杀死了里面的全部微生物。 　　

9）生物有机肥养分含量高；精制有机肥由于高温处理，造成了养分损失。 　　5）生物有机肥经除臭，气味轻，几乎无臭；精制有机肥未经除臭，返潮即出现恶臭。